È molto dubbio che la chiesa sia sorta sui ruderi dell'antico castello come vuole il Rizzi essendo già la chiesa costruita nel secolo XII; inoltre nella topografia di Malegno il castello è indicato più a nord.

Risulta che si staccò dalla Pieve di Cividate, divenendo parrocchia nel secolo XIV e rimase parrocchiale del paese fino al 1760: il primo documento però noto con il quale è chiamata "parrocchialis" è del 1532.

Per A. Sina il titolo di Sant' Andrea è dovuto alla presenza di antico xenodochio presso il fiume.

Nell'elenco delle chiese di Valle Camonica che devono contributi al Vescovo di Brescia ( 19 gennaio 1400 )

Sant' Andrea di Malegno è ancora ricordata come cappella dipendente dalla Pieve di Cividate. B. Faino (1658) la elenca come rettoria parrocchiale dotata di tre altari.

Sotto il parroco Giacomo Giovannelli (1951-56) ebbero inizio i lavori di restauro che furono poi portati avanti e conclusi nel 1960 da don Antonio Medici.

Si tratta di un edificio romanico del XII secolo a cui venne rifatta la navata nel secolo XV e profondamente restaurata nel secolo XVII.